Para activar las transparencias de los menus y ventanas vamos al configurador de Compiz: Sistema > Preferencias > Administrador de Opciones CompizConfig , seleccionamos “Opciones Generales” y dentro de ahi, la pestaña “Opacity Settings“. En esa ventana añadimos las cadenas siguientes:

(name=Vista) | (name=gimmie_applet) | (name=gnome-panel) | (type=Menu | PopupMenu | DropdownMenu | Dialog | ModalDialog)
y
ToolTip | Menu | PopupMenu | DropdownMenu

y les damos un valor de opacity de 80, o el valor que queramos (usando el deslizador). Debe quedar algo asi:
Guardamos los cambios y de manera inmediata deberiamos apreciar los cambios. Al colocar una ventana sobre otra se transparenta la ventana inferior, al igual que con los menus.
Observa p.ej la imagen que encabeza el articulo y podras apreciar alguna de las transparencias.

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